外国人在上海市办理入藏函首先需要通过网上联系西藏当地有资质的旅行社，然后与旅行社确定西藏旅游行程，并支付参团定金，之后再提交办理入藏函需要的相关资料给旅行社，旅行社再向西藏旅游局提交办理入藏函的申请，最后旅行社在办好入藏函后，将其邮寄到外籍游客在上海的地址。